با حکم شورای انقلاب، حضرت آیت الله خامنه ای به شورای عالی دفاع منتقل و به عنوان نماینده شورای انقلاب در این وزارت خانه، به ایفای مسئولیت پرداختند.
،در ماه های آغازین فعالبت دولت موقت، از سوی عناصر و جریانات مختلف سیاسی، انتقادات فراوانی نسبت به کارکرد غیر انقلابی این دولت ابراز می شد. این انتقادات نهایتا به این تصمیم منتهی شد که تنی چند از روحانیونِ شورای انقلاب، به برخی از وزارت خانه های کلیدی دولت اعزام و نسبت به حسن انجام فعالیت ها نظارت و در آن مشارکت داشته باشند. در امتداد این تصمیم و با حکم شورای انقلاب، حضرت آیت الله خامنه ای نیز به شورای عالی دفاع منتقل و به عنوان نماینده شورای انقلاب در این وزارت خانه، به ایفای مسئولیت پرداختند. پس از استعفای دولت موقت و در چنین روزی، شورای انقلاب مجددا طی حکمی ایشان را به عنوان معاون وزیر و نماینده شورای انقلاب در وزارت دفاع منصوب کرد. اشتغالات نظامی رهبر معظم انقلاب پس از آن نیز در مناصبی چون نماینده امام خمینی در سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و نماینده امام در شورای عالی دفاع تداوم یافت.